2014年，母公司与国土局就目标地块签订《国有建设用地使用权出让合同》（下称“《土地出让合同》”），约定国土局将目标地块出让给母公司，并约定待受让人成立新公司后，《土地出让合同》项下的国有土地使用权可登记在新公司名下。《土地出让合同》签订后，母公司付清了全部土地出让金，当地财政局向母公司开具了收款收据。母公司缴纳了契税，并取得税收缴款书。

2016年，母公司作为唯一股东出资设立子公司。根据子公司章程，子公司设立时的注册资本与母公司交纳的土地出让金和契税金额相等，出资方式为土地使用权。

其后，国土局就目标地块向子公司核发了一份《不动产权证书》，该证记载的权利人为子公司。

子公司取得《不动产权证书》后，在进行后续某年度企业所得税纳税申报时，将目标地块土地成本的折旧摊销额在企业所得税前进行了列支。

近期，税务机关向子公司发出《税务事项通知书》，认定子公司2016年未按规定取得土地使用权转让的增值税发票，限子公司自收到该通知书之日起60日内进行补开或换开相应发票，补开或换开后的发票符合税法有关规定的，可以作为税前扣除凭证。

并于近期，税务机关向子公司发出《纳税风险提醒函》，提醒子公司：2016年，子公司由母公司以土地使用权对外新设，子公司未按规定取得土地使用权转让增值税发票；子公司取得《不动产权证书》后的某年度已结转收入、成本，子公司未按规定取得增值税发票，子公司可能存在未取得合法凭证已在企业所得税税前扣除而少申报缴纳该年度企业所得税的风险。此外，子公司未办理“同一投资主体所属企业之间土地、房屋权属的划转免征契税”税收减免备案，也未办理“公司合并后承受原合并各方土地、房屋权属免征契税”税收减免备案，子公司可能存在未按规定办理税收优惠审批备案手续，存在税收风险。

从土地管理角度，以下二种情形（下称“母公司拿地子公司开发”）均不构成母公司向子公司转让土地使用权或以土地使用权作价出资：

根据原国土资源部发布的《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规范（试行）》，如果土地竞买人在竞买申请书中声明竞得土地后，拟成立新公司进行开发建设，并明确新公司的出资构成、成立时间等内容，出让人可以根据招标拍卖挂牌出让结果，先与竞得人签订《国有土地使用权出让合同》，在竞得人按约定办理完新公司注册登记手续后，再与新公司签订《国有土地使用权出让合同变更协议》；也可按约定直接与新公司签订《国有土地使用权出让合同》。据此，实践中土地管理部门通常不认为母公司拿地子公司开发构成土地使用权转让或以土地作价出资，而是认为子公司直接从土地管理部门受让土地使用权，并直接为子公司办理土地使用证书。

母公司拿地子公司开发的模式下，在满足一定条件的情况下，母公司交纳的土地价款可以在计算子公司的增值税时扣除。根据《关于明确金融、房地产开发、教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税[2016]140号）¹，在同时满足以下三个条件的情况下，母公司支付的地价款可以在计算子公司的增值税时予以扣除。

根据上述规定，即便交纳土地价款的收据记载的付款人是母公司，子公司仍可在计算增值税时进行扣除。

母公司交纳的地价款在计算子公司的企业所得税和土地增值税时能否作为成本进行扣除，未见明确规定。需要结合协议约定、财务处理、发票取得等情况具体分析，从而判断其列支、扣除的合法性与合理性。

多数观点认为，以土地使用权作价出资属于增值税应税行为。既然属于增值税应税行为，母公司应向子公司开具增值税发票。根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》（下称“《实施办法》”）第十条，销售无形资产，是指有偿转让无形资产。第十一条，有偿，是指取得货币或者其他经济利益。根据《实施办法》所附的《销售服务、无形资产、不动产注释》，无形资产包括土地使用权。并且《实施办法》附件3所列的免征或不征税增值税项目中不包括股东以土地使用权作价出资。因此，母公司以土地使用权作价出资取得子公司股权属于销售无形资产，系增值税应税行为，母公司应向子公司开具增值税发票。

少数观点认为，营改增之前，根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）规定，以无形资产、不动产投资入股共担投资风险的行为，不需征收营业税。营改增之后，从递延原有税收优惠及国家对本次营改增的总体减税要求角度来看，以土地使用权作价出资入股不应当征收增值税，因此，母公司也无须向子公司开具增值税发票。

由于当时适用以及现行税收政策对此规定并不明确，因此，就子公司未就母公司以土地使用权作价出资办理契税减免备案是否会实质性影响适用契税减免政策问题，存在与税务机关探讨的空间。

实体方面，根据子公司设立时适用的《财政部、国家税务总局关于进一步支持企业事业单位改制重组有关契税政策的通知》（财税[2015]37号），同一投资主体内部所属企业之间土地权属的划转，包括母公司与其全资子公司之间土地权属的划转，免征契税。《财政部、税务总局关于继续支持企业事业单位改制重组有关契税政策的通知》（财税[2018]17号）和《财政部、税务总局关于继续执行企业事业单位改制重组有关契税政策的公告》（财政部、税务总局公告2021年第17号）进一步明确规定，母公司以土地向其全资子公司增资，视同划转，免征契税。母公司设立子公司时将其持有的目标地块土地使用权转让给子公司，作为母公司对子公司的实缴出资，是否应属于上述文件规定的母公司与其全资子公司之间土地权属划转的情形，存在与税务机关探讨的空间。程序方面，根据子公司设立时适用的《中华人民共和国契税暂行条例细则》（财法字[1997]52号），纳税人符合减征或者免征契税规定的，应当在签订土地、房屋权属转移合同后10日内，向土地、房屋所在地的契税征收机关办理减征或者免征契税手续。但是，该细则以及子公司设立时适用的相关税收政策中并未规定未办理免征契税手续的情况下纳税人即丧失免征契税资格。因此，即使子公司未就“母公司以土地使用权作价出资设立子公司导致的土地使用权转移”办理免征契税手续，故应当具有适用前述契税减免政策的空间，但由于缺乏明确规定，税收征管实践中各地税务机关的执法会存在差异。

[1] 《关于明确金融、房地产开发、教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税[2016]140号）第八条规定：房地产开发企业（包括多个房地产开发企业组成的联合体）受让土地向政府部门支付土地价款后，设立项目公司对该受让土地进行开发，同时符合下列条件的，可由项目公司按规定扣除房地产开发企业向政府部门支付的土地价款。

（一）房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司；

（二）政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变；

（三）项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。